
library(testthat)

source("user_code.R")
test_that("mean_control is correct", {
  expect_true(exists("mean_control"), info = "mean_control should exist.")
  expect_type(mean_control, "double")
  expect_equal(mean_control, mean(c(5.2, 4.8, 5.0)), tolerance = 1e-8)
})

test_that("mean_treated is correct", {
  expect_true(exists("mean_treated"), info = "mean_treated should exist.")
  expect_type(mean_treated, "double")
  expect_equal(mean_treated, mean(c(7.1, 7.3, 6.9)), tolerance = 1e-8)
})

test_that("test_result is a t.test object and result is correct", {
  expect_true(exists("test_result"), info = "test_result should exist.")
  expect_s3_class(test_result, "htest")
  expect_equal(test_result$p.value, t.test(c(5.2, 4.8, 5.0), c(7.1, 7.3, 6.9))$p.value, tolerance = 1e-8)
})

test_that("interpretation is a string and matches p-value significance", {
  expect_true(exists("interpretation"), info = "interpretation should exist.")
  expect_type(interpretation, "character")
  pval <- test_result$p.value
  if (pval < 0.05) {
    expect_equal(interpretation, "There is a statistically significant difference in gene expression between control and treated samples.")
  } else {
    expect_equal(interpretation, "There is no statistically significant difference in gene expression between control and treated samples.")
  }
})

test_main.R

Käytännönläheinen johdatus R-ohjelmointiin, joka on suunnattu biologeille ja bioinformaatikoille. Opettele analysoimaan, visualisoimaan ja tulkitsemaan biologista dataa R:n avulla, käyttäen esimerkkejä genomiikasta, ekologiasta ja kokeellisesta biologiasta.

Opi R-ohjelmoinnin perusteet keskittyen biologiseen dataan, mukaan lukien muuttujat, tietotyypit ja perusdatan käsittely.

Syvenny tilastollisiin menetelmiin biologisten aineistojen analysoinnissa, mukaan lukien yhteenvetotilastot, hypoteesien testaus ja tulosten tulkinta.

Hallitse biologisten tietojen visualisoinnin taito R:llä, peruskaavioista edistyneempiin kokeisiin liittyviin visualisointeihin.

Opettele käsittelemään genomityyppistä dataa ja kehittämään toistettavia työnkulkuja tieteelliseen tutkimukseen R:ssä.

Challenge: Toistettava analyysi

Ratkaisu