Lära Utförande av Hierarkisk Klustring

En clustermap är en matrisgraf som kombinerar en värmekarta med hierarkisk klustring.

Medan en vanlig värmekarta visar data i ett fast rutnät, omordnar en clustermap rader och kolumner för att placera liknande värden intill varandra. De trädliknande diagrammen på axlarna kallas dendrogram och visar hur datapunkterna grupperas.

Viktiga parametrar

För att styra hur klustringen fungerar kan du använda dessa parametrar:

standard_scale: standardiserar data (0 för rader, 1 för kolumner) så att varje variabel har medelvärde 0 och varians 1. Detta är avgörande när variabler har olika enheter;
metric: avståndsmåttet som används (t.ex. 'euclidean', 'correlation'). Det avgör vad "liknande" betyder;
method: länkage-algoritmen som används (t.ex. 'single', 'complete', 'average'). Det avgör hur kluster grupperas.

Exempel

Här är en clustermap av Iris-datasetet. Notera hur arterna (raderna) automatiskt grupperas eftersom de har liknande mätvärden.


              12345678910111213141516171819
            
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

# Load dataset
df = sns.load_dataset('iris')
# Prepare matrix (drop non-numeric column for calculation)
species = df.pop("species")

# Create a clustermap
sns.clustermap(
    data=df,
    standard_scale=1,    # Normalize columns
    metric='euclidean',  # Measure distance
    method='average',    # clustering method
    cmap='viridis',
    figsize=(6, 6)
)

plt.show()

Uppgift

Swipe to start coding

Analysera flygpassagerardata för att hitta likheter mellan år.

Ställ in stilen på 'ticks'. Ändra bakgrundsfärgen till 'seagreen' ('figure.facecolor').
Skapa en clustermap med den omformade upd_df DataFrame:

Ange upd_df som data.
Normalisera kolumnerna genom att sätta standard_scale till 1.
Ställ in 'single' till method.
Ställ in 'correlation' till metric.
Visa värden i cellerna (annot=True).
Ange värdegränser: vmin=0 och vmax=10.
Använd färgkartan 'vlag'.

Visa diagrammet.

Lösning

Var allt tydligt?

Tack för dina kommentarer!

Avsnitt 1. Kapitel 17

single

Fråga AI

Fråga vad du vill eller prova någon av de föreslagna frågorna för att starta vårt samtal

Svep för att visa menyn